2006년 5월 미국과 일본은 미국 워싱턴에서 미일안보협의위원회를 개최해 주일미군의 재편에 관한 최종보고서를 결정했다. 이에 따라 주일미군의 재배치와 미일동맹의 변화가 이루어진다. 2005년 2월 미일안보협의위원회에서 미일정부는 공동전략목표에 대해 합의했고, 2005년 10월에는 주일미군의 재편에 관한 공동문서 ‘미일동맹: 미래를 위한 변혁과 재편’(중간보고)을 발표했다.
  2006년 5월 최종합의에 의해 진행되고 있는 주일미군의 재편은 미일동맹과 일본 안보정책의 커다란 변화를 예시한다. 주일미군의 재편은 미국 군사전력의 변화에 따른 군변환과 미군의 재편에 의거하여 행해지고 있다. 미국은 국방정책의 기본을 변환(transformation)에 두고 미군을 냉전형 조직에서 21세기형 조직으로 변형시키고 있다. 미군의 글로벌국방태세검토(GPR)와 통합글로벌국방태세주둔전략(IGPBS)에 의해서 해외 및 국내 미군의 배치태세의 재검토를 진행하고 있다. 아시아태평양지역에서 미군은 병력삭감과 억지긴급대처능력의 유지라는 양면적 요구를 충족시키려 하고 있다. 동북아에 주둔하는 미군은 한반도와 일본뿐만 아니라 아시아태평양 전체에 있어서 중요한 역할을 담당하기 때문에 주일미군의 재편은 일본의 안전보장과 미일동맹 및 동아시아 안보환경에 큰 영향을 미친다.