전시 작전통제권이 연합사령부로부터 한국군에게 전환되고 연합사령부가 해체될 경우 유엔사의 역할과 존속에 대한 논란이 제기되고 있다. 전작권 전환 과정에서 연합사에 위임된 전작권이 원 소재지인 유엔사로 귀속되는지 여부에 대한 법리적 논란도 있다. 
유엔군사령관은 연합사의 지원으로 정전협정체제를 관리해왔으나 연합사 해체에 따라 임무수행에 제약을 받게 된다. 정전협정 유지를 위한 유엔사의 지휘권과 현재 DMZ 일대의 방어를 맡고 있는 한국군과 지휘관계 설정이 요구되며 유엔사의 정전임무 수행을 보장하기 위한 보완대책이 강구되어야 한다. 유엔사의 역할과 위상에 대한 북한을 비롯한 미국, 한국, 일본의 전략은 한반도의 평화와 안보에 직결되어 있다...